1925年在爱丁堡大学毕业后，他再次来到中国，成为宣教士在华北一带传教。二战中，因为他的英国国籍和传福音的行动，被日本军队监禁在山东的集中营。1945年在战争结束前夕，他病逝于山东潍县的集中营。战后李爱锐被安葬于河北省石家庄市的华北烈士陵园，那里还长眠着白求恩、柯棣华等烈士。1991年爱丁堡大学用苏格兰的花岗岩为他树立了一座纪念碑，纪念碑上镌刻着《圣经》以赛亚书中的一句话：“他们必如鹰展翅上腾、他们奔跑却不困倦”。潍坊市政府也在2005年纪念潍坊集中营解放60周年的活动中为李爱锐的纪念碑献了花环。